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EMBL（European Molecular Biology Laboratory）是歐洲分子生物學實驗室，是一個國際化的生物科學研究機構，其數據庫系統(tǒng)成為全球著名的生命科學數據庫之一。EMBL數據庫是基因組學和生物信息學技術的重要實踐基地，其豐富的數據資源能夠為生命科學研究人員提供有價值的信息。
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本文將介紹embl數據庫的特征分析以及其應用。本文將闡述EMBL數據庫的基本特征；接著，闡釋EMBL數據庫中所包含的類型以及數據的來源渠道；將介紹EMBL數據庫在生物信息學研究領域中的應用，并展示其在科學研究中所起的重要作用。
一、EMBL數據庫的基本特征
EMBL數據庫是一個在線公共數據庫，主要涵蓋分子生物學、細胞生物學和生物信息學等領域。在EMBL數據庫中，讀者可以查詢并獲取關于生物學研究及其結果的有關詳細信息。其主要特點如下：
1.共享數據
EMBL數據庫的宗旨是為生命科學研究領域提供共享信息和數據的平臺。EMBL數據庫收集了來自世界范圍內的研究數據資源，并將其存儲到數據庫中，以供研究人員在全球范圍內使用和訪問。
2.易用性
EMBL數據庫的查詢頁面對學生、研究人員和學者采取了相對友好的用戶界面設計，方便使用者快速找到目標資料。
3.標準化
EMBL數據庫的數據標準化處理能夠方便數據的比較與分析，并可幫助生物學研究的標準化引用。同時，EMBL數據庫還提供多種標準化輸出格式，如Fasta和GenBank格式等，滿足復雜生物學數據處理的需求。
二、EMBL數據庫中所包含的類型以及數據來源渠道
EMBL數據庫中包含了豐富的生物學相關數據，主要涵蓋如下幾類：
1. 染色體
EMBL數據庫中包括了不同物種的染色體及其相關信息。這些數據如：基因序列、單倍體、染色體段位置關系、變異性等。這些數據可以為基因編輯剪切、基因DNA改造等研究工作提供有力支持。
2. 蛋白質
EMBL數據庫中還包含了幾乎所有生物物種中的蛋白質相關數據。它們的序列、結構、以及蛋白質與其他物質的互動數據都被包含在這些數據源中，例如：蛋白質家族和亞型、氨基酸序列信息、功能注釋等。
3. 基因
EMBL數據庫中有關基因的數據涵蓋到了基因家族、基因群等相關數據。這些數據源可以用于研究基因的表達調控機制、結構、以及遺傳學等方面研究。
4. 轉錄組
轉錄本數據包括了反映個體表達基因水平的相關信息。這些信息可以用于研究基因表達的差異化調控機制、RNA剪接及其驅動機制、運動細胞核等問題。
此外，EMBL數據庫中的數據來源渠道主要包括世界各地的生物科學實驗室和機構。研究數據被提交給EMBL，并經EMBL進行篩選和整理后，最終加入到EMBL數據庫中。
三、EMBL數據庫在生物信息學研究領域中的應用
EMBL數據庫是生物信息學領域中不可或缺的工具之一，其數據資源被廣泛應用于生物學的研究。下面，我們將從該數據庫在人類基因組計劃、科學發(fā)展、生物信息學培訓和公共教育四個方面展開。
1. 人類基因組計劃
人類基因組計劃是以確定人的基因組序列為目標的計劃，它是現代分子生物學中最重要的研究項目之一。EMBL數據庫的許多數據資源被用來分析人類基因組序列，涵蓋了基因、蛋白質、轉錄本等信息的預測和驗證。
2. 科學發(fā)展
EMBL數據庫以其廣泛豐富的生物學資源，極大地推進和支持了生物科學的發(fā)展。這些數據為開展細胞發(fā)育、藥物開發(fā)、生態(tài)環(huán)境研究、農業(yè)生產等領域的工作提供了必不可少的基礎資源和數據支持。
3. 生物信息學培訓
EMBL數據庫的資源被廣泛應用于生物信息學培訓，例如：生物學家和研究人員可以通過研究源于EMBL的公共數據獲得進一步知識，或者學習盡可能多的研究方法。EMBL數據庫的數據還可以被用于培訓生物信息學研究領域的學生。
4. 公共教育
EMBL數據庫也被廣泛應用于公共教育。這些數據可用于生物學上學者和學生的研究任務和作業(yè)，以及設計講座、數據庫設計器和生物學教學。針對初始的學生，EMBL數據庫還提供了許多關于基因、蛋白質功能和蛋白質分析的信息，以引導其了解生物學的基本知識。
四、結論
EMBL數據庫是全球排名前列的生物信息學數據庫之一。其豐富的數據資源可以給生物學研究人員提供有價值的信息，同時也是生物信息學領域不可或缺的工具之一。我們相信，在EMBL數據庫的支持下，生物學研究將不斷取得更大的進展，讓我們期待未來的發(fā)展。
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常用的查詢蛋白質結構以及序列的數據庫主要有哪些？
1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列數據庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列數據庫(JIPID)共同維護的國際上更大的公共蛋白質序列數據庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗余的蛋白質序列數據庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋祥扒握白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻數據庫的交叉索引，以及數據庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特征的條目之間方便的檢索。每季度都發(fā)行一次完整的數據庫，每周可以得到更新部分。
PSD數據庫有幾個輔助數據庫，如基于超家族的非冗余庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基于文本的交互式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息此隱和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列數據庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。數據庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄后修飾、特殊位點和區(qū)域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗余序列，并與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(tǒng)(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的數據庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE數據庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，并能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬于哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由于功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區(qū)域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發(fā)現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源于X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認后存檔而成。目前PDB數據庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主服務器和世界各地的鏡像服務器提供數據庫的檢索和下載服務，以及關于PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發(fā)行的光盤獲得。使用Raol等軟件可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)數據庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基于若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸于全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗余的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)數據庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基謹慶因組的編碼蛋白，根據系統(tǒng)進化關系分類構建而成。COG庫對于預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，并把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基于Web的COGNITOR服務，系統(tǒng)進化模式的查詢服務等。
蛋白質結構數據庫，一般用PDB，還有其他衍兆首生出來的數據庫，比如DSSP，HSSP等等。
如果要差序列結構，在NCBI中也可以差，EMBL中也都有，不過建議在PDB中查看，將文件下載下來，用一些常用的軟件進行查看，并且可以看到一級，二級等舉殲高級結構，或者模擬族答數結構。
embl數據庫的特征的介紹就聊到這里吧，感謝你花時間閱讀本站內容，更多關于embl數據庫的特征,深入探究EMBL數據庫：特征分析與應用,常用的查詢蛋白質結構以及序列的數據庫主要有哪些？的信息別忘了在本站進行查找喔。
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